Zdravstveno varstvo rastlin  je varovanje zdravja rastlin, rastlinskih proizvodov in nadzorovanih predmetov pred škodljivimi organizmi s pomočjo fitosanitarnih ukrepov.  

Z nadzorom semenskega materiala kmetijskih rastlin  pri uvozu se zagotavlja uvoz kakovostnega semenskega materiala kmetijskih rastlin, ohranjanje okolja in varstvo potrošnikov. Z nadzorom pri uvozu gozdnega reprodukcijskega materiala se zagotavlja uvoz kakovostnega in rastišču prilagojenega reprodukcijskega materiala.

Vse fitosanitarne zahteve za vnos rastlinskega materiala v EU, vključno s prepovedmi, posebnimi pogoji in obveznimi pregledi, so določene v Uredbi (EU) 2016/2031 o zaščitnih ukrepih proti škodljivim organizmom rastlin in v Uredbi (EU) 2017/625 o uradnem nadzoru in drugih uradnih dejavnostih. Dodatne informacije in posebnosti so podrobneje opredeljene v izvedbenih aktih in delegiranih uredbah, ki temeljijo na navedenih uredbah.

Za uresničevanje namenov zdravstvenega varstva rastlin opravljajo nadzor pri uvozu oziroma pri sprostitvi v prost promet med drugimi uradnimi organi tudi carinski organi. Inšpekcijski nadzor opravijo inšpektorji Uprave Republike Slovenije za varnost hrane, veterinarstvo in varstvo rastlin (v nadaljevanju UVHVVR). Pošiljke za katere je obvezen fitosanitarni pregled, se lahko vnašajo iz tretjih držav le čez določena vstopna mesta, kjer sta carinski organ in inšpekcija UVHVVR (Koper - Luka Koper in Ljubljana - Letališče Jožeta Pučnika). Če ni nevarnosti za širjenje škodljivih organizmov, se pregled istovetnosti in zdravstveni pregled pošiljke lahko opravi tudi na uradno določenih mestih v notranjosti države ali v drugi državi članici, pod carinskim nadzorom.

Carinski organi ne smejo začeti s postopkom za začetek carinsko dovoljene rabe ali uporabe, razen tranzita, dokler inšpektor UVHVVR ne opravi fitosanitarnega pregleda pošiljk rastlin, rastlinskih proizvodov ali nadzorovanih predmetov s seznama iz prilog uredbe, pošiljk semenskega materiala kmetijskih rastlin in gozdnega reprodukcijskega materiala ter z odločbo dovoli vnos iz tretjih držav.